Le ministère des finances envoie régulièrement un contrôleur des comptes de Juddu, ceci à chaque demande de renouvellement de l'agrément en tant qu'association autorisée à délivrer une attestation fiscale pour les dons reçus (tous les 6 ans).  Le dernier contrôle a été effectué en 2013 et les résultats sont très positifs.

Des critères stricts doivent être respectés afin d'obtenir cet agrément, notamment un taux de frais généraux inférieur à 20%, ce qui est très largement le cas pour JUDDU car en 2012, le frais généraux représentaient 2% des dépenses.